1864年4月，Ambrose E. Burnside将军率美国第九陆军集团军的6000名北方士兵在马里兰农业学院的校园驻扎。在此期间士兵破坏了数百英尺长的木制篱笆去生火并试图烧毁一个石质谷仓。马里兰农业学院后来试图起诉联邦政府赔偿损失但不幸败诉。1864年夏天，Bradley T. Johnson将军率领大约400名南方士兵在马里兰农业学院的校园驻扎。当时同情南方的校长Henry Onderdonk对南方军队的到来表示了欢迎。在内战期间经济问题迫使学校当局出售了300英亩的土地。但入学人数的锐减最终导致马里兰农业学院破产。随后马里兰农业学院的校园被用作男童预备学校。