美国内战结束后马里兰州立法院结束了马里兰农业学院的破产状态并获取了其一半的所有权。马里兰农业学院成为一所半公立学院。1867年10月马里兰农业学院重新成立并招收了11名学生。在随后的6年里，马里兰农业学院偿还了所有的债务。在此后的二十年内，由于联邦政府投资的一个农业试验站的成立，马里兰农业学院开始成为一个研究机构。同期马里兰农业学院还在一系列领域获得了管理权，例如农场疾病控制，牧草检查；还建立了州气象局以及林业会议。

1888年马里兰农业学院开始了正是的校际篮球比赛，当年的对手有圣约翰学院和美国海军学院。

1897年，第一个兄弟会Phi Sigma Kappa进入了马里兰农业学院。

1898年Morrill Hall建立，这是马里兰大学仍然在使用的教学楼中历史最悠久的建筑。